come (1)

■come up with ～　（考え）を思いつく
＝　hit on[upon] ～

■come down with ～　（病気）にかかる

■come across ～　～に出くわす
= encounter ～,come on[upon] ～,run across ～,run into ～, bump into ～

■How come ～?　なぜ～
＝　Why ～?
How did[does] it come about that ～?の省略表現なので、How comeの後はSVの語順。
come about 起こる　＝ happen
「どのようにして～が起こった[起こる]のか」→「なぜ～」

come (2)　

■come about　起こる
＝　happen
⇔　bring about ～, bring ～ about
＝　cause ～

come to＋名詞で「ある状態に達する」というイディオムがあります。

■come to the conclusion that ～　～という結論に達する

■come to an end　終る
＝　end
⇔　put an end to ～　～を終わらせる
＝　end ～

■come to terms with ～　～合意に達する
このtermsは「条件」。